Tache: Ecrivez 1/2 page de resumé qui est à remettre lors de la séance respective.
Exercice
La fonction potentielle d'une protéine inconnue se laisse déduire de la resemblance de sa séquence avec celle d'une autre dont la fonction est connue.
Donc, cherchez des protéines qui ressemblent à la séquence "unknown-protein" en utilisant le service web du NCBI (http://www.ncbi.nih.gov/blast),qui offre sous la section protein blast l'argorithme psi-blast. psi-blast vous permet de cribler toutes les séquences inclues dans la grande base de donnée "non redundant (nr)".
>unknown-protein MQYTLIYTPTLAMFIYTTREYIIRPYTQTMYNNETLVTLSYMVFKLSVIEYPKESYVEQSA QSRNEIQVERNFAISGRFSTYNKPNNTKTRPNRWVHATEKSTPASVLNYWRTFQAAMET VSAKSPNRSTLIEMEARILHAIHLMNINEEFLAFWEITSLI*
Procedure: Parmi les 'hits' de la première recherche psi-BLAST, selectionnez les protéines les plus similiaires à celle de 'unknown-protein', et répétez ainsi la recherche psi-BLAST plusieures fois. On trouvera de cette façon les autres membres de cette famille de protéines. Idéalement, la fonction d'un des membres est connue. Ceci permet d'inférer la fonction de la protéine 'unknown-protein'.
Question 1: Quelle est, selon vous, la fonction de la protéine "unknown-protein"?
Question 2: A quel domaine de vie appartient probablement l'organisme possèdant cette protéine?
Question 3: A quelle protéine bactérienne resemble la
protéine inconnue?
Barème