Présentations orales bibliographiques, le 12 et 13 juin

version 03juin2014

Chaque étudiant présente une synthese d'une ou de plusieures publications traitant d'un des sujets détailes ci-joint. Il y à un sujet par groupe, et chaque membre d'un groupe traite un volet particulier du sujet. P.a., une personne parle de la génération des données et les différentes technologies, l'autre sur les approches algorithmique, et le troisième sur les outils, leurs avantages/limitations, etc. Donc il est nécessaire que chaque groupe se met d'accord comment sous-diviser un sujet. Notez que les technologies de séquencage apparaissent dans plusieurs sujets; donc évitez une répétition.

Voila les sujets -un par groupe- et quelques aspets à traiter. N'hésitez pas d'ajouter ou de remplacer des aspets. Le but de ces présentations est que chacun dans la classe apprend les notions de base des différents sujets.

"Assemblage" (Rodolfo*, Jonathan)
L'assemblage de séquences génomiques - de novo, ou avec séquence connue d'un proche parent; génomes bacteriens vs eucaryotes

"RNA-Seq" (David*, Souhila, Elise)
L'information contenue dans le transcriptome, chips vs RNA-Seq, le probleme 'rRNA'

"Variants" (Sarah*, Armande, Marc-Andre)
Les variants des séquences; bases biologiques; utilisation dans la caractérisation des populations (basée sur des séquences génomiques) et dans l'analyse d'edition d'ARN (basée sur la comparaison des séquences génomiques et transcriptomiques)

"Proteomique" (Matt*, Melissa)
Perspectives complémentaires à celles de la génomique et transcriptomique.

"Phylogénie" (Steven*, Moulaye, Honore)
La phylogénie en générale et la phylogénomique.

Discutez le choix d'articles, dans la période du 10-31 mai, avec Sandrine Rousseau-Moreira (sandrine.moreira@umontreal.ca). Chaque groupe se rencontre dans la semaine du 02-06 juin afin d'ajuster les présentations et d'éliminer des répétitions. Le 09 juin le plus tard, chaque représentant(*) des groupes envoye à GB (gertraud.burger@umontreal.ca) les titres des présentations du groupe et des articles consultées.

Titres des présentations

Publications utilisées dans la préparations des présentations


Les projets d'analyse

Nous proposons les projets suivants. Si vous avez des suggestions, discutez-en lors de la 1ère rencontre de votre groupe.
1. Assemblage des génomes de bactéries symbiotiques/commensals associées à un eucaryote (Rodolfo*, Jonathan, Melissa)
2. Identification des régions codantes du génome par RNA-Seq (David*, Souhila, Elise)
3. La base des variants du génome et du transcriptome nucléaire (Sarah*, Armande, Marc-Andre)
4. Inférence des processus biologiques basée sur la composition des supercomplexes protéiques (Matt*, Melissa)
5. Phylogénomique pour résoudre l'arbre de décendence (Steven*, Moulaye, Honore)

Encadrement des projets d'analyse
"Assemblage" : Jean-François Theroux (jean-francois.theroux@umontreal.ca);
"RNA-Seq" : Gertraud Burger (gertraud.burger@umontreal.ca);
"Variants" : Sandrine Rousseau-Moreira (sandrine.moreira@umontreal.ca);
"Protéomique" : Rachid Daoud (rachid.daoud.@umontreal.ca) & B. Franz Lang (franz.lang@umontreal.ca);
"Phylogénie" : B. Franz Lang (franz.lang@umontreal.ca).

Environnement computationnel

Ce cours utilise les serveurs de H-307. Les données sont stockées d'une façon centrale sur le serveur des fichiers cardamom (cardamom:/BIN6002), pendant que les analyses seront executées sur les différents serveurs computationnels :
celles des projets "Assemblage", "RNA-Seq", et "Variants" sur arnica, et celles des projets "Protéomique" et "Phylogénie" sur rhodomonas.

Vous pouvez accéder ces serveurs à partir de votre portable ou d'un poste de travail de l'UdeM. Le protocol sera fourni.



Comment se brancher sur le serveur universitaire

Message de Marie Pageau (marie.pageau@umontreal.ca):

Pour les etudiants qui viennent d'un autre departement, ils n'ont qu'a visiter le Profil informatique  à la
DGTIC pour se choisir un mot de passe sur esilrch.

Par la suite, ils doivent attendre quelques minutes et se brancher a

   esilrch1.esi.umontreal.ca ou esilrch2.esi.umontreal.ca

                             Me prevenir en cas de pepin s'il vous plait.

Horaire mise à jour.

Retour à la page G. Burger - Teaching